RunObject Server

window オブジェクトは、スクリプト中のグローバル変数や関数にアクセスできるため、window オブジェクトを登録するのが最適です。

HTA 側のコード

<script type="text/JScript" for="window" event="onload">
    var ro;

    ro = new ActiveXObject("Hyon.RunObject");
    ro.Register("sample1");    // 登録する
    ro.Tag = window;    // window オブジェクトを公開する
</script>

<script type="text/JScript" for="window" event="onunload">
    ro.Revoke();    // 登録を解除する
</script>

WSH 側のコード

var ro = new ActiveXObject("Hyon.RunObject");
var window;

try
{
    // window オブジェクトを取り出す
    window = ro.GetObject("sample1").Tag;
}
catch (err)
{
    WScript.Echo("sample1が見つかりませんでした");    // エラー
    WScript.Quit(-1);
}
window.resizeTo(400, 400);    // リサイズとかしてみる

sample1 というのは、登録に使う名前です。
登録したオブジェクトは、Windows全体に共有されるので、重複しないようなユニークな名前にしてください。